در این مطلب، ویدئو نحوه یافتن ژن در فایل مرجع ژنوم با پایتون با زیرنویس فارسی را برای دانلود قرار داده ام. شما میتوانید با پرداخت 15 هزار تومان ، این ویدیو به علاوه تمامی فیلم های سایت را دانلود کنید.اکثر فیلم های سایت به زبان انگلیسی می باشند. این ویدئو دارای زیرنویس فارسی ترجمه شده توسط هوش مصنوعی می باشد که میتوانید نمونه ای از آن را در قسمت پایانی این مطلب مشاهده کنید.
مدت زمان فیلم: 00:18:06
تصاویر این ویدئو:
قسمتی از زیرنویس این فیلم:
00:00:00,140 –> 00:00:11,360
[موسیقی]
2
00:00:11,360 –> 00:00:13,620
در اینجا یک طرح کلی درباره نحوه شروع این
3
00:00:13,620 –> 00:00:15,509
ویدیو وجود دارد، ما
4
00:00:15,509 –> 00:00:18,359
با انتخاب یک ژن شروع می کنیم، سپس آن
5
00:00:18,359 –> 00:00:21,990
توالی ژن های خاص را پیدا می کنیم و سپس
6
00:00:21,990 –> 00:00:25,500
در صورت داشتن یک ژن، یک ژن از آن
7
00:00:25,500 –> 00:00:28,320
را پیدا می کنیم. توالی سپس به
8
00:00:28,320 –> 00:00:30,539
سمت کدنویسی واقعی در
9
00:00:30,539 –> 00:00:32,790
پایتون می رویم،
10
00:00:32,790 –> 00:00:34,800
فایل مرجع ژنوم خود را WA راه اندازی می کنیم یا
11
00:00:34,800 –> 00:00:37,020
آن ژن را پیدا می کنیم و سپس از آنچه
12
00:00:37,020 –> 00:00:39,629
تنظیم کرده ایم استفاده می کنیم تا دنباله ژن خود را بگیریم و
13
00:00:39,629 –> 00:00:41,700
پیدا کنیم. جایی که در یک فایل سریع قرار دارد
14
00:00:41,700 –> 00:00:45,660
و سپس با استفاده از ناحیه کدون
15
00:00:45,660 –> 00:00:49,170
، فقط
16
00:00:49,170 –> 00:00:51,870
قطعات ژنی را که در واقع پروتئین را کد میکنند، جدا میکنیم،
17
00:00:51,870 –> 00:00:54,210
بنابراین اکنون که قسمتهای خسته کننده به
18
00:00:54,210 –> 00:00:56,129
پایان رسیده، بیایید جلو برویم و شروع به
19
00:00:56,129 –> 00:00:58,559
انتخاب ژن خود کنیم، اکنون واقعاً میتوانید
20
00:00:58,559 –> 00:01:00,570
هر ژنی را که میخواهید انتخاب کنید، من
21
00:01:00,570 –> 00:01:03,000
چیزی کمی محبوب برای شروع به شما پیشنهاد میکنم
22
00:01:03,000 –> 00:01:04,438
تا بدانید که آن را پیدا خواهید
23
00:01:04,438 –> 00:01:08,880
کرد و فقط با آن سرگرم خواهید
24
00:01:08,880 –> 00:01:12,049
25
00:01:15,520 –> 00:01:18,620
26
00:01:25,430 –> 00:01:28,539
27
00:01:32,560 –> 00:01:34,850
شد. فریاد زدن به
28
00:01:34,850 –> 00:01:38,450
میراث و مرد آنلاین مندلی
29
00:01:38,450 –> 00:01:42,050
وبسایتی که با نام mm نیز شناخته میشود، فقط یک
30
00:01:42,050 –> 00:01:44,150
مرجع ژنتیکی عالی است، اگر
31
00:01:44,150 –> 00:01:47,570
هنوز از آن استفاده نکردهاید، به آن ضربه
32
00:01:47,570 –> 00:01:50,479
33
00:01:50,479 –> 00:01:52,399
34
00:01:52,399 –> 00:01:55,100
بزنید. کاری که این وب سایت
35
00:01:55,100 –> 00:01:56,540
می خواهد انجام دهد این است که
36
00:01:56,540 –> 00:01:59,229
تمام اطلاعاتی را که می توانیم در مورد HGD
37
00:01:59,229 –> 00:02:01,759
بخواهیم به ما می دهد، توالی مرجع واقعی را به ما نمی دهد،
38
00:02:01,759 –> 00:02:04,310
اما پیوندها و
39
00:02:04,310 –> 00:02:05,990
راه هایی برای رسیدن به دنباله مرجع
40
00:02:05,990 –> 00:02:09,380
از این وب سایت وجود خواهد داشت. جلوتر و
41
00:02:09,380 –> 00:02:12,590
در اینجا روی همو جنتز زوم کنید، بگویید یک دو
42
00:02:12,590 –> 00:02:16,010
دی اکسیژناز و اساساً یکی از موارد
43
00:02:16,010 –> 00:02:17,630
اصلی که ما در اینجا به دنبال
44
00:02:17,630 –> 00:02:19,760
آن هستیم این است که یک رابطه فنوتیپ ژنی
45
00:02:19,760 –> 00:02:22,940
با آلکاپتونوری وجود دارد و
46
00:02:22,940 –> 00:02:24,920
واقعاً به همین دلیل است که این ژن
47
00:02:24,920 –> 00:02:27,860
انتخاب شده است زیرا آلکاپتونوری به
48
00:02:27,860 –> 00:02:31,610
این شکل است. یافتههای تاریخی در دنیای ژنتیک
49
00:02:31,610 –> 00:02:33,590
و واقعاً شروع میشود، بسیاری از
50
00:02:33,590 –> 00:02:36,829
کتابهای درسی ژنتیک با
51
00:02:36,829 –> 00:02:38,450
کشف این موضوع شروع میشوند، زمانی که
52
00:02:38,450 –> 00:02:40,940
بله، بعد از فصل 3، میدانید بعد از پوشش دادن
53
00:02:40,940 –> 00:02:43,280
همه اصول اولیه و
54
00:02:43,280 –> 00:02:47,630
آلکاپتونوری، جایی که یک فرد در آن دچار خواهد شد.
55
00:02:47,630 –> 00:02:51,290
ادرار ark یا ادراری که
56
00:02:51,290 –> 00:02:53,680
سیاه در نظر گرفته می شود این
57
00:02:53,680 –> 00:02:57,380
اختلال ژنتیکی نادر ناشی از یک
58
00:02:57,380 –> 00:03:00,350
جهش هتروزیگوت هموزیگوت یا مرکب در ژن
59
00:03:00,350 –> 00:03:03,459
همگن هشت و دو دیوکسین dj است،
60
00:03:03,459 –> 00:03:08,209
بنابراین مهم است که ژن را پیدا کنید
61
00:03:08,209 –> 00:03:11,570
و سپس مطمئن شوید که تمام آن
62
00:03:11,570 –> 00:03:14,420
جفت های باز به درستی خوانده می شوند که این امر باعث می شود. ما به
63
00:03:14,420 –> 00:03:16,220
اطلاعات مهم بعدی
64
00:03:16,220 –> 00:03:18,709
در این صفحه که مکان است،
65
00:03:18,709 –> 00:03:22,519
بنابراین مکان 3q یک سه
66
00:03:22,519 –> 00:03:24,109
است که روی بازوی بلند
67
00:03:24,109 –> 00:03:26,510
کروموزوم شماره سه قرار دارد، جایی که
68
00:03:26,510 –> 00:03:29,570
این ژن در آن قرار دارد، اکنون اجازه دهید
69
00:03:29,570 –> 00:03:32,000
نگاهی به تمام ناحیه کاپیتان بیندازیم. آنچه من پیشنهاد می کنم
70
00:03:32,000 –> 00:03:34,989
باز کردن یک برگه جدید و
71
00:03:34,989 –> 00:03:37,820
جستجوی آلکاپتونوریا در وب سایت بادام است
72
00:03:37,820 –> 00:03:39,260
73
00:03:39,260 –> 00:03:41,330
و من می روم و به
74
00:03:41,330 –> 00:03:43,549
آن صفحه
75
00:03:43,549 –> 00:03:46,519
ورق می زنم اکنون نماد alkaptonuria را داریم که aku است
76
00:03:46,519 –> 00:03:49,549
و اگر به ژن فنوتیپ نگاه کنید.
77
00:03:49,549 –> 00:03:51,860
مکان روابط همچنان
78
00:03:51,860 –> 00:03:52,940
همان مکان را برای
79
00:03:52,940 –> 00:03:56,239
آلکاپتونوری ذکر شده خواهد داشت و سپس
80
00:03:56,239 –> 00:03:57,769
اگر کمی پایین تر در توضیحات نگاه کنید، خواهید
81
00:03:57,769 –> 00:04:00,230
دید که آلکاپتونوری یک بیماری اتوزومال است.
82
00:04:00,230 –> 00:04:03,769
اختلال متابولیک مکرر به این معنی
83
00:04:03,769 –> 00:04:06,440
است که برای ایجاد
84
00:04:06,440 –> 00:04:09,500
پاسخ فنوتیپی آلکاپتونوری x در
85
00:04:09,500 –> 00:04:12,170
ادرار تیرهتر نیاز به آللهای آکو دارید. واقعاً
86
00:04:12,170 –> 00:04:15,170
اطلاعات بسیار خوبی در این صفحات وب بادام وجود دارد،
87
00:04:15,170 –> 00:04:17,418
بنابراین میتوانید ادامه دهید و آن را بخوانید.
88
00:04:17,418 –> 00:04:19,010
89
00:04:19,010 –> 00:04:20,690
هر ژنی که انتخاب کردید یا
90
00:04:20,690 –> 00:04:23,300
هر چیزی که در آن هستید، اما من ادامه میدهم
91
00:04:23,300 –> 00:04:25,370
و شروع میکنم به ما نشان دهم که چگونه
92
00:04:25,370 –> 00:04:27,949
توالی ژن را پیدا کنیم، اکنون با
93
00:04:27,949 –> 00:04:32,720
پیمایش به وبسایت NCBI و سپس
94
00:04:32,720 –> 00:04:35,780
رفتن در سمت چپ از
95
00:04:35,780 –> 00:04:40,010
طریق پیوندهای ژنها و بیان آنها.
96
00:04:40,010 –> 00:04:41,570
پیوند همان چیزی است که ما به دنبال آن هستیم و ما به دنبال آن هستیم
97
00:04:41,570 –> 00:04:44,030
و روی آن کلیک میکنیم، سپس
98
00:04:44,030 –> 00:04:47,840
به پیوند ژن میرویم تا
99
00:04:47,840 –> 00:04:51,050
پایگاه داده ژن را در NCBI جستجو کنیم، وقتی روی
100
00:04:51,050 –> 00:04:52,010
پیوند ژنی
101
00:04:52,010 –> 00:04:54,020
هستیم که دقیقاً در آن تایپ میکنیم.
102
00:04:54,020 –> 00:04:58,340
نوار جستجوی بالای HGD و کاری که انجام میدهد این
103
00:04:58,340 –> 00:04:59,840
است که پس از زدن جستجو،
104
00:04:59,840 –> 00:05:02,330
تمام اطلاعات مربوط به تمام
105
00:05:02,330 –> 00:05:06,740
ژنهای مرتبط با حروف HGD را به ما میدهد و همانطور که
106
00:05:06,740 –> 00:05:09,410
میتوانیم در اینجا در اولین پیوند مشاهده کنیم، این همان
107
00:05:09,410 –> 00:05:10,639
چیزی است که ما هستیم. به دنبال آن
108
00:05:10,639 –> 00:05:13,669
هستم اطلاعات را در یک صبح نشان می دهد،
109
00:05:13,669 –> 00:05:17,120
همان شماره om را دارد، همان نام مستعاری را دارد
110
00:05:17,120 –> 00:05:18,560
که ما به دنبال آن بودیم، ما قبلاً
111
00:05:18,560 –> 00:05:21,169
می دانستیم که در کروموزوم 3 قرار دارد، بنابراین ما
112
00:05:21,169 –> 00:05:23,479
ادامه می دهیم و روی
113
00:05:23,479 –> 00:05:25,580
آن کلیک می کنیم.
114
00:05:25,580 –> 00:05:27,710
تمام اطلاعات مربوط به HGD
115
00:05:27,710 –> 00:05:29,539
بسیار زیاد است و این صفحه ای است که می توانید به
116
00:05:29,539 –> 00:05:31,789
پایین اسکرول کنید یا در سمت راست
117
00:05:31,789 –> 00:05:33,979
پیوندی وجود دارد که شما را مستقیماً به صفحه شلیک می
118
00:05:33,979 –> 00:05:36,530
کند سپس می توانیم ادامه دهیم
119
00:05:36,530 –> 00:05:39,740
و روی قالب روز سریع کلیک کنیم.
120
00:05:39,740 –> 00:05:43,220
دیدن دنباله مرجع در
121
00:05:43,220 –> 00:05:47,180
قالب روز سریع همین الان اینجاست که به
122
00:05:47,180 –> 00:05:49,280
نوعی خنده دار است زیرا پنج
123
00:05:49,280 –> 00:05:52,460
هزار جفت پایه اول
124
00:05:52,460 –> 00:05:53,100
در
125
00:05:53,100 –> 00:05:55,830
واقع ژنی نیستند که در بالادست 5000 است، بنابراین مبارزه با
126
00:05:55,830 –> 00:05:57,570
ژن در واقع از پنج
127
00:05:57,570 –> 00:05:59,970
هزار و یک شروع می شود و نشان می دهند. شما
128
00:05:59,970 –> 00:06:01,980
پنج هزار اضافی در جلو دارید، به
129
00:06:01,980 –> 00:06:04,110
همین دلیل است که منطقه ژن در حال حاضر روی
130
00:06:04,110 –> 00:06:06,870
چهار هزار و نه یک یک تنظیم شده است، بنابراین
131
00:06:06,870 –> 00:06:08,520
در صورت استفاده از
132
00:06:08,520 –> 00:06:12,030
ژنی متفاوت از HGD هنگام جستجوی
133
00:06:12,030 –> 00:06:14,670
یک توالی ژن در وب سایت NCBI،
134
00:06:14,670 –> 00:06:16,860
این را در نظر داشته باشید. دادن شما پنج هزار اضافه در
135
00:06:16,860 –> 00:06:19,350
بالادست و دو هزار در پایین دست
136
00:06:19,350 –> 00:06:21,540
فقط برای اطلاعات بیشتر، زیرا ما
137
00:06:21,540 –> 00:06:24,360
عاشق این داده های اضافی هستیم که
138
00:06:24,360 –> 00:06:25,080
همه چیز در مورد
139
00:06:25,080 –> 00:06:29,150
آن است، بنابراین اگر می خواهید که ژن ها سریع یک توالی را رها کنید، به این صورت است که چگونه می توانید دنباله سریع را دانلود
140
00:06:29,150 –> 00:06:31,560
141
00:06:31,560 –> 00:06:33,360
142
00:06:33,360 –> 00:06:38,430
کنید. به پایین بفرستید و
143
00:06:38,430 –> 00:06:41,310
یک انتخاب رادیویی را در فایل قرار دهید و سپس
144
00:06:41,310 –> 00:06:42,900
می توانید ادامه دهید و یک فایل
145
00:06:42,900 –> 00:06:45,180
146
00:06:45,180 –> 00:06:47,790
بسازید و به همین سرعت دنباله ای را از طریق مرورگر در رایانه شما دانلود می کند و
147
00:06:47,790 –> 00:06:49,950
سپس ما روی
148
00:06:49,950 –> 00:06:54,950
اطلاعات GenBank و این کلیک می کنیم. آیا این واقعا بهترین
149
00:06:54,950 –> 00:06:57,210
ابزار به نظر من است زیرا شما کاری که
150
00:06:57,210 –> 00:06:59,190
می خواهید انجام دهید این است که
151
00:06:59,190 –> 00:07:01,710
تمام مناطق اگزون این ژن
152
00:07:01,710 –> 00:07:03,570
را به شما می دهد و سپس یک منطقه واقعا مهم را به شما می دهد
153
00:07:03,570 –> 00:07:06,360
که منطقه CD است و این
154
00:07:06,360 –> 00:07:10,020
در واقع کدئین کدئین چیزی
155
00:07:10,020 –> 00:07:12,210
که ممکن است در مورد آن صحبت کند،
156
00:07:12,210 –> 00:07:14,790
منطقه کد کننده پروتئین است، بنابراین منطقه مهمی
157
00:07:14,790 –> 00:07:17,610
است و اگر بیشتر به پایین اسکرول کنید،
158
00:07:17,610 –> 00:07:20,100
اساساً فایل روز سریع را دوباره به شما می دهد،
159
00:07:20,100 –> 00:07:23,390
این یکی با حروف
160
00:07:23,390 –> 00:07:25,590
کوچک o خواهد بود. آنهایی که با حروف بزرگ هستند، اما
161
00:07:25,590 –> 00:07:26,910
حداقل این یکی مان