در این مطلب، ویدئو بیوانفورماتیک در پایتون: جعبه ابزار DNA. بخش 5: فریم های خواندن را باز کنید با زیرنویس فارسی را برای دانلود قرار داده ام. شما میتوانید با پرداخت 15 هزار تومان ، این ویدیو به علاوه تمامی فیلم های سایت را دانلود کنید.اکثر فیلم های سایت به زبان انگلیسی می باشند. این ویدئو دارای زیرنویس فارسی ترجمه شده توسط هوش مصنوعی می باشد که میتوانید نمونه ای از آن را در قسمت پایانی این مطلب مشاهده کنید.
مدت زمان فیلم: 00:06:41
تصاویر این ویدئو:
قسمتی از زیرنویس این فیلم:
00:00:00,650 –> 00:00:03,419
سلام به همه، امروز می خواهیم
2
00:00:03,419 –> 00:00:06,000
به ریبوزوم نگاهی بیندازیم و ببینیم چگونه می توانیم
3
00:00:06,000 –> 00:00:11,370
عملکرد آن را به جعبه ابزار DNA خود اضافه کنیم تا
4
00:00:11,370 –> 00:00:12,750
بتوانیم مقاله ای در ریبوزوم باشیم
5
00:00:12,750 –> 00:00:14,549
که برای تجدید دانش شما در مورد نحوه عملکرد
6
00:00:14,549 –> 00:00:17,550
ریبوزوم بسیار عالی است، بنابراین در این تصویر شماره سه است.
7
00:00:17,550 –> 00:00:21,060
ما می خواهیم
8
00:00:21,060 –> 00:00:22,160
عملکرد آن را در کد خود تکرار کنیم،
9
00:00:22,160 –> 00:00:24,869
کاری که ریبوزوم اساساً انجام می دهد،
10
00:00:24,869 –> 00:00:27,840
بخشی از هر سلول است، بنابراین
11
00:00:27,840 –> 00:00:30,510
به رشته mRNA نگاه می کند یا ما می توانیم یک رشته DNA را
12
00:00:30,510 –> 00:00:32,969
در مورد خود عبور دهیم – شناخته شده است که
13
00:00:32,969 –> 00:00:35,700
یک فریم خواندن را اسکن می کند. ما در اختیار آن قرار میدهیم و
14
00:00:35,700 –> 00:00:37,350
دنبالهای از اسیدهای
15
00:00:37,350 –> 00:00:39,180
آمینه تولید میکنیم که میتوان از آنها برای تولید
16
00:00:39,180 –> 00:00:41,670
پروتئین
17
00:00:41,670 –> 00:00:45,000
18
00:00:45,000 –> 00:00:49,110
19
00:00:49,110 –> 00:00:51,899
20
00:00:51,899 –> 00:00:54,840
استفاده کرد. یک پروتئین و
21
00:00:54,840 –> 00:00:56,850
خواهیم دید که وقتی میخواهیم
22
00:00:56,850 –> 00:00:59,550
یک توالی بیولوژیکی واقعی را پاس کنیم،
23
00:00:59,550 –> 00:01:02,309
پروتئین واقعی را برمیگرداند که
24
00:01:02,309 –> 00:01:04,619
میتوانیم در یک پایگاه داده جستجو کنیم و ببینیم که
25
00:01:04,619 –> 00:01:07,170
وجود دارند، این یک آزمایش بسیار خوب برای
26
00:01:07,170 –> 00:01:09,810
کد ما است، بنابراین این تصویر بسیار خوبی است
27
00:01:09,810 –> 00:01:12,740
که قاب خواندن باز را نشان می دهد و
28
00:01:12,740 –> 00:01:16,200
ما در اینجا کدون های سه قلو را اسکن
29
00:01:16,200 –> 00:01:18,960
می کنیم تا اسیدهای آمینه تولید کنیم، باید
30
00:01:18,960 –> 00:01:21,570
شش فریم خواندن تولید کنیم تا
31
00:01:21,570 –> 00:01:23,369
دانش شما در مورد فریم های خواندن باز تازه شود
32
00:01:23,369 –> 00:01:25,530
و اینکه چرا باید شش قاب
33
00:01:25,530 –> 00:01:27,570
از آنها را تولید کنیم، به این مقاله پیوند خواهم داد و
34
00:01:27,570 –> 00:01:29,820
یک ضبط بسیار زیبا در اینجا
35
00:01:29,820 –> 00:01:32,970
وجود دارد که فقط دو دقیقه و 47 ثانیه است، اما
36
00:01:32,970 –> 00:01:34,920
اطلاعات ارائه شده در آن بسیار خوب
37
00:01:34,920 –> 00:01:38,250
و واضح است، خوب، بنابراین اجازه دهید به آن برسیم،
38
00:01:38,250 –> 00:01:41,280
بنابراین بیایید اکنون آخرین کدی را که
39
00:01:41,280 –> 00:01:44,250
نوشتیم اجرا کنیم که توالی اسید آمینه و
40
00:01:44,250 –> 00:01:47,729
فرکانس کدون ما بود. قرار است
41
00:01:47,729 –> 00:01:49,920
از ساختار کدون DNA که
42
00:01:49,920 –> 00:01:52,470
در آخرین ویدیوی خود اضافه کردهایم، به جای اینکه من
43
00:01:52,470 –> 00:01:54,570
یک قطعه را کپی و جایگذاری کنم، دوباره استفاده کنیم، بیایید سعی کنیم
44
00:01:54,570 –> 00:01:56,100
این تابع را خط به خط
45
00:01:56,100 –> 00:01:58,619
با هم بنویسیم، من فقط
46
00:01:58,619 –> 00:02:00,119
نام تابع و
47
00:02:00,119 –> 00:02:02,610
نظر دهید بنابراین به آن میگویند فریمهای خواندن Jan
48
00:02:02,610 –> 00:02:05,100
تولید فریمهای خواندنی ارائه میدهند که
49
00:02:05,100 –> 00:02:08,940
یک توالی DNA یا RNA دنبال میکنند، بنابراین
50
00:02:08,940 –> 00:02:10,830
اولین کاری که باید انجام دهیم، به فهرستی نیاز
51
00:02:10,830 –> 00:02:12,540
داریم که در آن فریمهای خواندنی را ذخیره
52
00:02:12,540 –> 00:02:13,710
53
00:02:13,710 –> 00:02:16,230
کنیم، بنابراین اجازه دهید. لیستی به نام
54
00:02:16,230 –> 00:02:21,270
فریم ایجاد کنید، این یک لیست خالی است و بیایید سعی کنیم
55
00:02:21,270 –> 00:02:27,300
اولین فریم خواندنی را به آن
56
00:02:27,300 –> 00:02:30,060
ضمیمه کنیم تا بدانیم که باید لیستی از
57
00:02:30,060 –> 00:02:32,820
آمینو اسیدها را اضافه کنیم اما یک رشته DNA یا RNA به ما داده می شود،
58
00:02:32,820 –> 00:02:35,220
بنابراین ابتدا باید آن را ترجمه
59
00:02:35,220 –> 00:02:39,480
کنیم و سپس آن را به فریمهای خود اضافه کنید تا
60
00:02:39,480 –> 00:02:40,860
تابع translate خود را فراخوانی
61
00:02:40,860 –> 00:02:46,640
کنیم و به آن دستوری بدهید که
62
00:02:46,640 –> 00:02:47,870
اوکی باشد،
63
00:02:47,870 –> 00:02:51,560
اما همانطور که به یاد میآوریم، این
64
00:02:51,560 –> 00:02:54,060
پارامتر را در اینجا داریم که به ما امکان میدهد
65
00:02:54,060 –> 00:02:57,870
از هر موقعیت خاصی شروع به خواندن کنیم، بنابراین
66
00:02:57,870 –> 00:02:59,790
در این مورد ما برای اولین بار از این پارامتر استفاده می
67
00:02:59,790 –> 00:03:01,500
کنیم و
68
00:03:01,500 –> 00:03:03,990
ما موقعیت 0 را مشخص می کنیم به این معنی
69
00:03:03,990 –> 00:03:05,850
که خواندن را از ابتدای این فریم خواندن شروع کنید،
70
00:03:05,850 –> 00:03:09,600
بنابراین بیایید این خط را
71
00:03:09,600 –> 00:03:12,570
دو بار دیگر کپی کنیم اگر از
72
00:03:12,570 –> 00:03:17,310
کد ویژوال استودیو استفاده می کنید، ctrl alt down یک