در این مطلب، ویدئو یافتن شمارش GC یک توالی DNA با استفاده از PYTHON | بیوانفورماتیک | آکاش میترا با زیرنویس فارسی را برای دانلود قرار داده ام. شما میتوانید با پرداخت 15 هزار تومان ، این ویدیو به علاوه تمامی فیلم های سایت را دانلود کنید.اکثر فیلم های سایت به زبان انگلیسی می باشند. این ویدئو دارای زیرنویس فارسی ترجمه شده توسط هوش مصنوعی می باشد که میتوانید نمونه ای از آن را در قسمت پایانی این مطلب مشاهده کنید.
مدت زمان فیلم: 00:13:04
تصاویر این ویدئو:
قسمتی از زیرنویس این فیلم:
00:00:00,399 –> 00:00:03,120
سلام بچه ها به ویدیوی دیگری در این ویدیو خوش آمدید،
2
00:00:03,120 –> 00:00:05,839
ما دوباره
3
00:00:05,839 –> 00:00:07,600
کمی کدنویسی
4
00:00:07,600 –> 00:00:09,280
انجام می دهیم و
5
00:00:09,280 –> 00:00:12,000
درصد محتوای gc
6
00:00:12,000 –> 00:00:15,280
یک دنباله dna را در یک ویدیوی قبلی کشف می کنیم،
7
00:00:15,280 –> 00:00:16,239
8
00:00:16,239 –> 00:00:19,439
من یک ویدیوی کدنویسی پایتون را انجام داده ام. من
9
00:00:19,439 –> 00:00:22,080
نشان دادهام که چگونه میتوانیم یک دنباله dna به دست آوریم و
10
00:00:22,080 –> 00:00:23,279
11
00:00:23,279 –> 00:00:26,880
میتوانیم رونوشت یا دنباله rna را
12
00:00:26,880 –> 00:00:29,679
از آن دنباله dna بسازیم که در حال تغییر
13
00:00:29,679 –> 00:00:30,240
14
00:00:30,240 –> 00:00:33,840
atgc به augcs مکمل است،
15
00:00:33,840 –> 00:00:36,079
بنابراین اگر آن را تماشا نکردهاید، لطفاً
16
00:00:36,079 –> 00:00:36,880
تماشا کنید که
17
00:00:36,880 –> 00:00:40,239
این یک ویدیو بسیار سرگرمکننده است. و در این
18
00:00:40,239 –> 00:00:41,040
19
00:00:41,040 –> 00:00:44,399
روش، روش بسیار مهم دیگری را انجام می دهیم که همه
20
00:00:44,399 –> 00:00:45,520
زیست شناسان
21
00:00:45,520 –> 00:00:48,559
دوست دارند، یعنی دریافت درصد
22
00:00:48,559 –> 00:00:51,199
محتوای gc از یک دنباله DNA،
23
00:00:51,199 –> 00:00:53,280
درصد gc را دریافت می کنیم،
24
00:00:53,280 –> 00:00:56,320
بنابراین برای انجام این کار ابتدا آنچه را که باید انجام دهم، باید انجام دهم.
25
00:00:56,320 –> 00:00:59,760
دنباله dna را دریافت کنید
26
00:00:59,760 –> 00:01:01,520
و برای انجام این کار، یک متغیر ایجاد می کنم
27
00:01:01,520 –> 00:01:03,600
که در آن
28
00:01:03,600 –> 00:01:06,000
دنباله dna را
29
00:01:06,000 –> 00:01:07,119
که قرار است دریافت کنم، ذخیره کنم،
30
00:01:07,119 –> 00:01:12,960
بنابراین اجازه دهید به ncbi
31
00:01:12,960 –> 00:01:15,439
برویم و آن را رها کنیم و به آن بروید.
32
00:01:15,439 –> 00:01:16,799
ژن
33
00:01:16,799 –> 00:01:20,159
و من می خواهم ژنی را که قبلاً انتخاب کرده ام انتخاب کنم
34
00:01:20,159 –> 00:01:21,360
به این فکر کردم
35
00:01:21,360 –> 00:01:23,280
که من میخواهم ژنی از
36
00:01:23,280 –> 00:01:24,479
ویروس کرونا دریافت
37
00:01:24,479 –> 00:01:29,520
کنم که همان sars kovi 2 است
38
00:01:30,640 –> 00:01:32,880
و وقتی Enter را فشار دادید
39
00:01:32,880 –> 00:01:33,759
باید در
40
00:01:33,759 –> 00:01:37,119
این صفحه قرار بگیرید، بنابراین اکنون به پایین اسکرول
41
00:01:37,119 –> 00:01:37,520
42
00:01:37,520 –> 00:01:40,000
کنید و لیست ژنهای موجود در
43
00:01:40,000 –> 00:01:40,640
44
00:01:40,640 –> 00:01:44,640
sars cov2 را دریافت کنید. من با یک دنباله بسیار کوچک می روم
45
00:01:44,640 –> 00:01:47,439
که همان
46
00:01:47,439 –> 00:01:49,840
پروتئین پاکت است که دنباله بسیار کوچکی دارد،
47
00:01:49,840 –> 00:01:52,000
بنابراین پروتئین است و من
48
00:01:52,000 –> 00:01:54,880
روی آن کلیک می کنم
49
00:01:54,880 –> 00:01:58,399
و ما در این صفحه قرار
50
00:01:58,399 –> 00:01:59,920
می گیریم بنابراین شما باید داشته باشید. خلاصه مختصری
51
00:01:59,920 –> 00:02:01,759
از نام ژن و همه چیز و
52
00:02:01,759 –> 00:02:03,520
شما نقشه ژن را دارید
53
00:02:03,520 –> 00:02:06,880
و در کنار آن سریعتر را دارید،
54
00:02:06,880 –> 00:02:09,038
بنابراین وقتی سریعتر روی آن کلیک کنید
55
00:02:09,038 –> 00:02:10,160
،
56
00:02:10,160 –> 00:02:12,959
دنباله را با فرمت سریعتر دریافت خواهید کرد، زیرا می
57
00:02:12,959 –> 00:02:14,160
دانید فرمت سریعتر
58
00:02:14,160 –> 00:02:17,200
دارای این است. عنوانی که
59
00:02:17,200 –> 00:02:19,840
با یک براکت زاویه قائم شروع می شود
60
00:02:19,840 –> 00:02:20,480
61
00:02:20,480 –> 00:02:23,200
و این کمی نام گذاری و
62
00:02:23,200 –> 00:02:24,480
63
00:02:24,480 –> 00:02:26,480
شرح ژن وجود دارد که بعد از آن
64
00:02:26,480 –> 00:02:27,920
دنباله می آید،
65
00:02:27,920 –> 00:02:30,959
بنابراین من فقط دنباله ای را انتخاب می
66
00:02:30,959 –> 00:02:31,760
کنم که به
67
00:02:31,760 –> 00:02:34,879
عنوان نیازی ندارم بنابراین می روم این را کپی کنید
68
00:02:34,879 –> 00:02:36,080
به rebel برگردید
69
00:02:36,080 –> 00:02:39,120
من آن را در اینجا قرار می دهم و
70
00:02:39,120 –> 00:02:41,760
من می خواهم سه علامت نقل قول
71
00:02:41,760 –> 00:02:43,120
در جلو
72
00:02:43,120 –> 00:02:46,560
و سه علامت نقل قول در پایان بزنم،
73
00:02:46,560 –> 00:02:48,400
اکنون کل این دنباله
74
00:02:48,400 –> 00:02:50,480
به یک رشته تبدیل شده است
75
00:02:50,480 –> 00:02:52,800
و به این متغیر به نام dna اختصاص داده شده است،
76
00:02:52,800 –> 00:02:54,879
77
00:02:54,879 –> 00:02:57,280
بنابراین در مرحله بعدی کاری که می خواهیم انجام دهیم، می
78
00:02:57,280 –> 00:02:58,080
رویم. برای پیدا
79
00:02:58,080 –> 00:03:01,280
کردن تعداد gهای
80
00:03:01,280 –> 00:03:04,159
موجود در داخل دنباله شماره
81
00:03:04,159 –> 00:03:04,720
c
82
00:03:04,720 –> 00:03:07,840
موجود در داخل دنباله و
83
00:03:07,840 –> 00:03:10,319
تعداد کل نوکلئوتیدهای موجود
84
00:03:10,319 –> 00:03:12,400
در داخل دنباله،
85
00:03:12,400 –> 00:03:15,920
بنابراین اگر مقدار کمی از
86
00:03:15,920 –> 00:03:18,959
عدد و عملیات
87
00:03:18,959 –> 00:03:21,200
عددی یافتن محتوای gc را هش کنیم.
88
00:03:21,200 –> 00:03:22,319
چیزی شبیه
89
00:03:22,319 –> 00:03:24,560
به این است که باید تعداد g
90
00:03:24,560 –> 00:03:26,879
ها را بدست آوریم سپس تعداد
91
00:03:26,879 –> 00:03:29,920
c ها را بدست آوریم که این مقدار را بدست می آوریم،
92
00:03:29,920 –> 00:03:33,440
بگذارید آن را در یک پرانتز قرار
93
00:03:33,440 –> 00:03:35,840
دهیم و این مقدار را بدست آوریم و این مقدار
94
00:03:35,840 –> 00:03:37,840
را
95
00:03:37,840 –> 00:03:41,840
تقسیم کنیم. مقدار با استفاده از تعداد کل
96
00:03:41,840 –> 00:03:45,200
نوکلئوتیدها که کل
97
00:03:45,200 –> 00:03:47,760
نوکلئوتید موجود در داخل دنباله است
98
00:03:47,760 –> 00:03:51,120
و دوباره
99
00:03:51,120 –> 00:03:53,760
این را در یک پرانتز قرار می دهیم و اکنون آن
100
00:03:53,760 –> 00:03:55,200
را در
101
00:03:55,200 –> 00:03:58,319
100 ضرب می کنیم همانطور که متوجه شدید
102
00:03:58,319 –> 00:04:01,040
من آن را هش کردم. at است
103
00:04:01,040 –> 00:04:01,840
کامپایلر
104
00:04:01,840 –> 00:04:03,760
در حین کامپایل کردن کد، به
105
00:04:03,760 –> 00:04:05,120
این خط میآید و
106
00:04:05,120 –> 00:04:07,760
خواهیم دید که این یک کد معتبر نیست،
107
00:04:07,760 –> 00:04:09,680
زیرا در جلوی آن هش دارد
108
00:04:09,680 –> 00:04:10,159
،
109
00:04:10,159 –> 00:04:12,080
بنابراین آن را نظر میدهد
110
00:04:12,080 –> 00:04:13,599
و به خط بعدی میرود.
111
00:04:13,599 –> 00:04:15,280
این فقط برای درک ماست که قرار است
112
00:04:15,280 –> 00:04:17,199
چه کاری انجام دهیم، بنابراین
113
00:04:17,199 –> 00:04:19,040
این عملیات ریاضی است که
114
00:04:19,040 –> 00:04:20,720
باید انجام دهیم ابتدا باید
115
00:04:20,720 –> 00:04:21,600
116
00:04:21,600 –> 00:04:24,000
تعداد پنیر و شمارش
117
00:04:24,000 –> 00:04:26,000
c تعداد gهای موجود را پیدا کنیم
118
00:04:26,000 –> 00:04:28,320
و تعداد c هایی که وجود دارند،
119
00:04:28,320 –> 00:04:30,960
بنابراین من می خواهم متغیری به نام
120
00:04:30,960 –> 00:04:31,520
g
121
00:04:31,520 –> 00:04:35,360
count ایجاد کنم و
122
00:04:35,360 –> 00:04:38,560
تعداد g ها را با استفاده
123
00:04:38,560 –> 00:04:42,560
از روشی به نام count می شمارم، بنابراین
124
00:04:42,560 –> 00:04:45,199
متغیری را که روی آن می روم را ارائه می کنم. برای
125
00:04:45,199 –> 00:04:46,960
استفاده از این متد، این
126
00:04:46,960 –> 00:04:50,080
dna است که این متغیر است
127
00:04:50,080 –> 00:04:53,520
و روی این متغیر
128
00:04:53,520 –> 00:04:56,880
من یک نقطه و
129
00:04:56,880 –> 00:04:59,919
تعداد نوع می دهم، بنابراین این
130
00:04:59,919 –> 00:05:04,000
روش شمارش در واقع به ما کمک می کند تا
131
00:05:04,000 –> 00:05:07,360
تعداد یا تعداد کاراکترهای
132
00:05:07,360 –> 00:05:08,639
133
00:05:08,639 –> 00:05:11,199
کاراکترهای مشخص شده را بدست آوریم.
134
00:05:11,199 –> 00:05:12,000
موجود
135
00:05:12,000 –> 00:05:15,840
در داخل رشته بنابراین
136
00:05:15,840 –> 00:05:18,000
در داخل شمارش به عنوان یک آرگومان من
137
00:05:18,000 –> 00:05:18,960
می روم برای پاس
138
00:05:18,960 –> 00:05:22,320
کردن یک g و همین کار را
139
00:05:22,320 –> 00:05:25,680
با c انجام میدهیم، یک متغیر شمارش c تولید میکنم
140
00:05:25,680 –> 00:05:26,720
141
00:05:26,720 –> 00:05:29,360
و در داخل آن میخواهم تعداد نقاط dna را بنویسم
142
00:05:29,360 –> 00:05:31,280
143
00:05:31,280 –> 00:05:34,320
و c را به
144
00:05:34,320 –> 00:05:38,240
عنوان یک رشته بدهم، بنابراین یک چیزی با
145
00:05:38,240 –> 00:05:41,360
د توجه داشته باشید که من g
146
00:05:41,360 –> 00:05:42,560
و c بزرگ
147
00:05:42,560 –> 00:05:45,120
میدهم، بنابراین همه چیز در پایتون به حروف بزرگ و کوچک
148
00:05:45,120 –> 00:05:46,080
حساس است،
149
00:05:46,080 –> 00:05:48,639
بنابراین اگر g بزرگ را در
150
00:05:48,639 –> 00:05:50,560
اینجا دارید و بزرگ C را در اینجا تمام میکنید، باید
151
00:05:50,560 –> 00:05:51,520
152
00:05:51,520 –> 00:05:53,759
بزرگهای g بزرگ و c را اگر
153
00:05:53,759 –> 00:05:54,800
g کوچک بدهید، اینطور
154
00:05:54,800 –> 00:05:57,199
نیست. g بزرگ را تشخیص دهید
155
00:05:57,199 –> 00:05